Üniversitelerarası Kurul ilk kez 13.6.1946 tarih ve 4936 sayılı Üniversiteler Kanunu’nun 13. maddesi uyarınca her üniversitenin rektör ve dekanlarıyla, her üniversite senatosunun kendi üyeleri arasında iki yıl için seçeceği temsilciden oluşan bir kurul olarak teşekkül ettirilmiştir.

27.10.1960 tarih ve 115 sayılı 13.06.1946 tarih ve 4936 Sayılı Üniversiteler Kanununun Bazı Maddelerinin Değiştirilmesi ve Bu Kanuna Madde Eklenmesi Hakkında Kanun’un 13. maddesi “Madde 13. — Üniversitelerarası Kurul her üniversitenin rektör ve dekanlarıyla, her üniversite senatosunun kendi üyeleri arasından iki yıl için seçeceği birer temsilciden kurulur. Bu kurula sıra ile her üniversitenin rektörü başkanlık eder. Kurulun toplantı yeri Ankara'dır. Bu kurul raportörlüğünü Ankara Üniversitesi Genel Sekreteri yapar ve kurul tutanaklarını ve kararlarını saklar; bunların birer örneğini üniversite rektörlüklerine gönderir. Kurul her yıl en az bir defa Kasım ayının ikici yarısında toplanır. Ayrıca gerekli hallerde üniversite rektörleri arasında yazışma suretiyle varılacak anlaşmaya göre toplanabilir. Anlaşma hususunda çoğunluk sağlanamazsa en kıdemli öğretim üyesi olan rektörün oyuna uyulur. Kurul bu kanun gereğince yapması gereken ve kendisine verilen işleri kesin karara bağlar.” şeklinde değiştirilmiştir.

Daha sonra Üniversitelerarası Kurul 07.7.1973 tarih ve 14587 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 1750 sayılı Üniversiteler Kanunu’nun 9. maddesi uyarınca yükseköğretim planlaması dahilinde, üniversiteler arasında akademik yönden koordinasyonu sağlamak, üniversitelerin öğretim üyesi ihtiyacını karşılayacak tedbirler almak, üniversitelerin tümünü ilgilendiren kanun tasarılarını, tüzük tasarılarını ve aynı nitelikteki yönetmelikleri hazırlamakla görevli bir kuruluş hâline dönüşmüş, 04.11.1981 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 2547 sayılı Kanun’un 11. maddesi uyarınca üniversiteler üstü bir akademik organ haline gelmiştir.